대기업의 공공 소프트웨어산업 참여제한으로 인한 보완책으로 PMO 제도가 제시되고 있는 가운데 기관들 사이에서는 제도의 문제점이 거론되고 있다.
그동안 대부분의 정보화 사업을 대기업에게 통합발주해왔던 기관들은 이제 중소기업과 함께 직접 프로젝트를 이끌어 나가야 하는 입장이어서 상당한 업무 부담을 호소하고 있는 상황이다.
특히 대형 프로젝트를 수행하기에는 중소기업의 역량이 아직은 부족하다는 점이 큰 불안요소로 지적되고 있다. 더불어 중소기업이 컨소시엄 형태로 사업에 참여하는 경우가 늘고 SW분리발주 등 관리포인트가 증가하는 데 반해, 이를 관리해야 하는 기관들의 역량도 갖춰지지 않은 것으로 보인다.
이러한 문제점을 보완하기 위한 카드로 정부에서는 PMO 조직의 의무화를 내세웠으나 여러 문제점들이 지적되고 있다.
공공 CIO들은 정부의 PMO 제도는 PMO 조직을 별도의 사업자로 발주하도록 해, 문제가 발생했을 시 책임소재가 불명확하다는 치명적인 문제점이 있다고 입을 모으고 있다.
PMO 제도가 제 역할을 하기 위해서는 법적으로 책임소재를 명확히 하던지, 아니면 PMO를 분리발주하지 않고 통합발주하도록 하되, 예산을 별도로 편성하도록 하는 방안을 강구해야 한다는 의견이다.
중소기업 육성이라는 법 취지를 달성하면서도 공공 정보화 사업의 안정적인 수행을 동시에 만족시키기 위해서는 정부의 보다 현실적이고 세심한 정책 수립이 시급해 보인다.